Da die Ehe des Otto von Machland und Jutta von Peilstein kinderlos blieb, vermachte das Paar einen Großteil seines Vermögens der Kirche. Neben dem Zisterzienserkloster in Baumgartenberg (1141) stifteten sie 1147 auch ein Kloster an der Stelle der Burg Säbnich (Gemeinde St. Nikola). Aus historisch nicht ganz nachvollziehbaren Gründen wurde nur wenige Kilometer entfernt ein zweites Kloster in Waldhausen gegründet. Während vom Kloster Säbnich keine Spuren mehr erhalten sind, entwickelte sich Waldhausen zu einem geistlichen Zentrum. Zu den herausragendsten Persönlichkeiten des Klosters gehörte Konrad von Waldhausen. Seine Glanzzeit erlebte das Stift zwischen 1647 und 1721.
Unter Propst Laurentius Voss wurde der Barockneubau angelegt. Als Baumeister der Kirche wird Carlo Canevale genannt, die Innenarchitektur (siehe Bild) ist ein Werk des Malers und Stukkateurs Giovanni Battista Colomba.
Durch die Landesausstellung zum Thema „Feste feiern“ ist Waldhausen in aller Munde. Eröffnet wird die Schau am 30. April 2002 und ist bis 3. November täglich von 9 bis 18 Uhr zu besichtigen.
Welche Ordensgemeinschaft lebte im Kloster Waldhausen bis zur Aufhebung des Stiftes 1792? (Ein Tipp: In St. Florian befindet sich dieselbe Gemeinschaft).