Rund vierhundert Häuser Mitterkirchens waren vom Jahrhunderthochwasser im Sommer 2002 betroffen. Als Abschluss der Aufbauarbeiten im Ort weihte Bischof Maximilian Aichern am 3. Advent-sonntag die erneuerte Kirche.
„Ich bewundere eure Mitmenschlichkeit und eure Kraft zum Aufbau. Im Miteinander konntet ihr durchhalten und all das Schwere durchstehen“, sagte Bischof Aichern in seiner Predigt. Er nahm auf viele persönliche Gespräche und Briefe aus Mitterkirchen Bezug, die um die Frage kreisten: Warum hat Gott diese Katastrophe zugelassen? Aichern: „Wir können mit Gott nicht rechten. Er bleibt ein Geheimnis. Möge er euch aber in bessere Zeiten führen.“ Der Bischof erinnerte daran, dass auch auch während des Hochwassers der Herr nicht aus der Kirche ausgezogen ist. Das Wasser hatte gerade das ewige Licht nicht erreicht. Es war ein berührender Anblick, als nur der Schein des ewigen Lichtes im gefluteten Kirchenraum flackerte. Unweigerlich mussten die Gottesdienstbesucher/innen auch beim Weihegebet des neuen Altars an die schlimmen Tage des Sommer 2002 denken. „Noah hat nach der Sintflut dem Herrn einen Altar gebaut ...“, heißt es in dem Gebetsformular. Der Rückblick in die Heilsgeschichte wurde beklemmend aktuell. Der Künstler Leo Zogmayer war mit der Neugestaltung des Kirchenraums betraut. Auffallend ist dabei die Reduktion der Einrichtung und die betont schlichte Ausführung von Ambo, Altar und Tabernakel. Der neue Raumeindruck hat einen Ortsbewohner zum Vorschlag veranlasst, die Gemeinde umzubenennen: von Mitterkirchen in „Laa(= Leer)kirchen“. Manchen Leuten gehen schon altvertraute Zeichen wie das Kreuz im Triumphbogen ab oder die Bänke mit der Möglichkeit zum Knien, meint Pfarrgemeinderatsobmann Josef Froschauer und fügt gleichzeitig hinzu, dass viele die Umgestaltung für sehr gelungen halten, vor allem die neue Lichtgebung. Über Einrichtungsgegenstände wie den Kreuzweg und dessen Wiederanbringung werde erst entschieden. Eine Spaltung der Gemeinde sei keinesfalls gegeben, so Froschauer.