Um die Mittagszeit des 20. Jänner 1945 wurde beim 15. Luftangriff auf Linz – wie das Diözesanblatt penibel vermerkt – der Mariendom getroffen. Eine Bombe durchschlug das Dach, explodierte offenbar noch im Dachraum und brachte mehrere Joche des Gewölbes im Langhaus zum Einsturz. Die herabstürzenden Teile zerschlugen Bänke, sonst blieb die Inneneinrichtung des Doms aber intakt. Schwere Schäden enstanden auch an den Glasfenstern. Der Kirchenraum war mit Staub und Glasscherben dicht übersät.