Knapp vor dem Jahrestag seiner vorübergehenden Ernennung zum Weihbischof von Linz (31. Jänner 2009) hat Pfarrer Dr. Gerhard Wagner im Programmheft zum Festival „Resonanzen“ am Wiener Konzerthaus von schweren Missständen in der Diözese Linz geschrieben. Priester und Laien würden gegen den Papst rebellieren, meint Wagner. Er spricht von einer „Strategie der künstlichen Verknappung der Priester“. Diözesanbischof Dr. Ludwig Schwarz gibt dazu die folgende Stellungnahme:
„Seelsorge und Verkündigung kann heute nur im Miteinander aller geschehen, von Priestern, Diakonen, haupt- und ehrenamtlichen Laienmitarbeiter/innen. Es ist nicht zu bestreiten, dass es neben dem vielen Guten auch Sorgen und Spannungen in unserer Kirche gibt. Einseitige Schuldzuweisungen und pauschale Verdächtigungen helfen aber nicht, um die Einheit zu stärken. Gerade die aktuelle Weltgebetswoche für die Einheit der Christen erinnert uns daran, worum es uns als Kirche in der Einheit mit christlichen Konfessionen und von Orts- und Weltkirche geht. Im Gespräch mit dem Papst, dem wir uns verbunden fühlen, wurde die Bedeutung des Aufeinanderzugehens betont. Was wir brauchen, ist ein nüchternes und sachliches Gespräch und nicht die emotionale Aufheizung, wie sie Pfarrer Wagner in einem Wiener Programmheft veröffentlicht. Dass wir in der Diözese bereit sind für Versöhnung und Dialog, haben wir im vergangenen Jahr bekundet. Mag sein, dass wir hier noch manches intensivieren müssen.“