Es war eine schwierige Papstreise in eine Krisenzone – zu einem ungünstigen Zeitpunkt: Zuerst hatte sich der Nahostkonflikt durch die israelische Militäraktion vor Gaza zugespitzt. Dann kam der Bischofsmord in der Türkei. Vor diesem Hintergrund unterstrich Benedikt den rein religiösen Charakter seiner Zypern-Reise (4.–6. 6.). Er präsentierte den Besuch als überparteilich, lehnte eine konkrete Einlassung zum Nahostkonflikt ab, tappte in keine politischen Fallen. Einen wichtigen Schwerpunkt der Reise bildete die Ökumene. Zum ersten Mal besuchte Benedikt ein mehrheitlich orthodoxes Land. Gemeinsam mit dem orthodoxen Erzbischof Chrysostomos wolle er den Dialogkurs fortsetzen. Der Papst ließ sich nicht auf politische Details des Zypernkonflikts ein. Er sprach nur allgemein von Aussöhnung, von der geduldigen Suche nach Lösungen, von mehr gegenseitigem Verständnis. Ein weiterer Höhepunkt war der Auftakt der Nahostsynode (10.–24. 10.), deren Arbeitsprogramm er vor rund 5000 Gläubigen veröffentlichte. Mit einem Friedensappell für den Nahen Osten und einem Aufruf zur Zusammenarbeit der Religionen beendete der Papst seinen Besuch in Zypern.