Das Datum der Gründung ist gesichert. Warum aber die Chorherren mehr als ein Jahrzehnt in Säbnich in Sarmingstein ihr erstes Stift hatten und dann nach Waldhausen zogen, bleibt weiterhin Gegenstand historischer Forschungen. Doch entscheidend ist ohnedies, dass die Waldhausener Chorherren für die Seelsorge im östlichen Mühlviertel verantwortlich waren: für Pfarren von Königswiesen bis Mitterkirchen sowie Münzbach bis St. Nikola.
Darüber hinaus stattete Otto von Machland, der Gründer von Waldhausen, das Stift auch noch mit „Weinpfarren“ im Weinviertel aus. Im Auf und Ab der Geschichte erfüllte das Stift seine Seelsorgsaufgaben, ehe es 1792 mit einem florierenden Personalstand von 31 Chorherren und knapp 20 inkorporierten Pfarren, aber mit einem riesigen Berg an Schulden aufgehoben wurde. Die Chorherren hatten sich mit dem barocken Neubau wirtschaftlich übernommen.
Bald begann man, das Klostergebäude abzutragen. Es sollte auch die Kirche Opfer der Spitzhacken werden, wenn nicht zehn Bauern beim Kaiser Protest eingelegt hätten. Der Herrscher ließ sich seinen Meinungsumschwung teuer bezahlen, doch das Gotteshaus und ein Rest des Gebäudes waren gerettet. Die Seelsorge in den ehemaligen Stiftspfarren übernahmen aber nach und nach Diözesanpriester. Das Bewusstsein, dass Waldhausen ein geistliches Zentrum für die Region war, ging für 200 Jahre verloren.
Im Zuge der Dekanatsfeste zum Gründungsjubiläum der Diözese Linz Mitte der 1980er Jahre besann man sich wieder auf die Bedeutung von Waldhausen. Pfarrer Karl Wögerer und Franz Schmutz, im Dekanatsrat von Grein engagiert, luden jährlich zu einer Dekanatsvesper in die Stiftskirche. Ansprechende musikalische und liturgische Gestaltung verbunden mit bekannten Festrednern wie Weihbischof Helmut Krätzl sorgten jeweils für ein volles Gotteshaus.
Das 850-jährige Gründungsjubiläum von Waldhausen im Jahr 1997 und die Landesausstellung 2002 stärkten weiter den Zusammenhalt der ehemaligen Stiftspfarren, deren Kerngebiet im wesentlichen das heutige Dekanat Grein bildet. Auch die geplante „Pfarre neu“ wird mit den Grenzen des Dekanats Grein übereinstimmen und die Region wird pastoral weiter zusammenwachsen. «
Am 3. Juni 2022 um 19.30 Uhr referiert Diözesanarchivar Klaus Birngruber in der Stiftskirche Waldhausen über „Waldhausen – Geschichte(n) eines Seelsorgezentrums von den Anfängen bis zur Gegenwart“.
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